Una sentencia de la Audiencia Nacional del      11 de Octubre de 2007, reconoció que: "La conclusión favorable a su consideración de entidad religiosa, se desprende ‘prima facie’ de sus estatutos, así como del cuerpo de doctrina aportados, y también del hecho de que la asociación es similar a otras que se encuentran debidamente inscritas en registros oficiales en países de nuestro entorno jurídico y cultural". Ver sentencia completa

Al ordenar la entrada de la Iglesia de Scientology en el Registro de Entidades Religiosas, la decisión de la Audiencia se alinea con la sentencia del Tribunal Constitucional 46/2001 referida a la Libertad de Religión y el Registro de Entidades Religiosas y la sentencia del  5 de Abril 2007 del Tribunal Europeo de Derechos Humanos en relación a la Iglesia de Scientology de Moscú. Esta última decisión garantiza la libertad religiosa de los cienciólogos y sus asociaciones y entidades religiosas a lo largo de los 47 estados miembros del Consejo de Europa que han ratificado la Convención Europea para la Protección de los Derechos Humanos y las Libertades Fundamentales.

La Inscripción de la Iglesia de Scientology de España en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicia, se hizo efectiva el 12 de diciembre de 2007, sin que el Ministerio de Justicia interpusiera la razonada sentencia de la Audiencia Nacional.